В Токио расследует преступления школьник с острым умом и необычным прошлым. Его зовут Конан Эдогава. Рядом с ним почти всегда доктор Агаса, изобретатель, и Ран Мори, подруга детства. Конан выглядит как первоклассник, но его аналитические способности поражают. Он наблюдает за деталями, которые ускользают от взгляда полиции. Каждое дело это головоломка, где ложные показания, скрытые мотивы и кажущиеся идеальными алиби сплетаются в тугой узел. Конан развязывает его, применяя логику и иногда помощь доктора Агаса, чьи гаджеты становятся ключом к разгадке. Преступления происходят в самых обычных местах, на глазах у множества людей, что делает каждую разгадку ещё более впечатляющей.

Параллельно с этим действует таинственный вор по прозвищу Кид. Он появляется в лунном свете, объявляя свои цели заранее, и совершает невозможные кражи произведений искусства и драгоценностей. Его ловкости и мастерству иллюзий противостоит сын инспектора полиции, Кайто Куроба. Он одержим идеей поймать Кид, разгадав секрет его маскировки и трюков. Их противостояние это изящный танец, где обман и интеллект сталкиваются на крышах ночного города. Иногда пути Конана и Кид пересекаются, создавая ситуации, где два гения с противоположными целями вынуждены либо мешать, либо временно помогать друг другу.