Макросс: Помнишь ли нашу любовь?

2040 год. Космический флот возвращается на Землю после долгой войны с гигантскими инопланетянами дзентради. Но радость встречи омрачена: на планете бушует эпидемия неизвестного вируса, а в небе появляется огромный инопланетный корабль. Истребители ВВС поднимаются в воздух, и среди пилотов Итидзё Хикару, молодой лейтенант, который ещё вчера учился летать. В бою он случайно подбивает гражданский шаттл, и из обломков выбирается девушка Линн Минмэй, начинающая певица. Хикару вынужден тащить её на руках через зону боевых действий, пока вокруг рушатся здания и горят обломки. Минмэй кричит, плачет, но при этом напевает мелодию, которая вдруг заставляет вражеских солдат замереть на месте. Оказывается, музыка действует на дзентради как наркотик, вызывая у них неконтролируемые эмоции. Командование немедленно берёт Минмэй под опеку, превращая её в секретное оружие. Теперь Хикару разрывается между долгом пилота и желанием защитить эту капризную, взбалмошную девушку, которая совершенно не понимает военной дисциплины.

Тем временем на флагманском корабле появляется загадочная женщина-офицер с другой планеты. Она требует немедленно передать ей Минмэй для выполнения особой миссии. Хикару отказывается, и между ним и новой командиршей вспыхивает напряжённый конфликт. Женщина холодна, расчётлива и явно что-то скрывает. Она приказывает провести секретный эксперимент с песней Минмэй, подключая девушку к мощному передатчику. Во время испытаний Минмэй теряет сознание, а её голос транслируется прямо в космос, вызывая у дзентради массовые галлюцинации. Хикару врывается в лабораторию, чтобы остановить это, но его арестовывают за нарушение приказа. Параллельно выясняется, что вирус на Земле не случаен, а является биологическим оружием, которое активируется определёнными частотами. И теперь Минмэй, сама того не желая, становится ключом к уничтожению или спасению человечества. Хикару сбегает из-под стражи, угоняет истребитель и летит к главному кораблю дзентради, чтобы найти способ отключить передатчик. На кону не просто война, а сама суть человеческой культуры, которая оказывается сильнее любого оружия.